上海染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）

上海染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）

      研究蛋白質(zhì)與DNA在染色質(zhì)環(huán)境下的相互作用是闡明真核生物基因表達機制的基本途徑。染色質(zhì)免疫沉淀技術(shù)（chromatin immunoprecipitation assay, CHIP）是目前*研究體內DNA與蛋白質(zhì)相互作用的方法。它的基本原理是在活細胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)－DNA復合物，并將其隨機切斷為長(cháng)度范圍內的染色質(zhì)小片段，然后通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復合體，特異性地富集目的蛋白結合的DN***段，通過(guò)對目的片斷的純化與檢測，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。CHIP不僅可以檢測體內反式因子與DNA的動(dòng)態(tài)作用，還可以用來(lái)研究組蛋白的各種共價(jià)修飾與基因表達的關(guān)系。

上海染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)（ChIP）
實(shí)驗操作流程：
1、樣品準備與交聯(lián)
細胞收集后，用37%的formaldehyde處理細胞，交聯(lián)核酸與DNA結合蛋白；
2.超聲打斷染色質(zhì)
裂解細胞，用Bioruptor將染色質(zhì)超聲破碎成200－1000bp片斷；將片段分為兩份，一份用于免疫共沉淀，一份用于對照。
3、免疫共沉淀(IP) 

取B步驟所得一份片斷與ChIP特異抗體結合進(jìn)行免疫共沉淀，利用免疫磁珠法富集抗體復合物。
4、解交聯(lián)及純化DNA
將富集的DNA/蛋白復合物解交聯(lián)釋放DNA片段，并進(jìn)行純化（IP DNA）；B步驟所得用于對照（Input DNA）的片斷作不進(jìn)行IP實(shí)驗，但也要解交聯(lián)并純化。
5、DNA段PCR擴增
針對ChIP DNA, Input DNA及對照DNA的目的片段設計特異性引物并進(jìn)行熒光定量PCR擴增。
 6、結果分析
%Input=2(Ct_Input-Ct_ChIP)×Fd×
Fold Enrichment = [%(ChIP/Input)] / [%( Negative control/Input)]

實(shí)驗:

1.基因組學(xué)：基因芯片、SNP檢測、DNA甲基化檢測、生物信息學(xué)分析

2.轉錄組學(xué)：microRNA芯片、LncRNA芯片、表達譜芯片、RNA-seq

3.蛋白質(zhì)組學(xué)：2D-DIGE、SILAC、iTRAQ、TMT、Label-free、MRM

4.基因檢測：DNA/RNA提取、RT-PCR、Real-timePCR

5.蛋白質(zhì)檢測：Western blot、Co-ip  EMSA、CHIP、免疫熒光、ELISA

6.病理檢測：HE染色、特殊染色、組織切片、免疫組化、流式細胞分選

7.代謝組學(xué)：GC-MS、LC-MS、NMR

8.細胞及動(dòng)物模型：原代細胞、細胞模型、動(dòng)物模型構建

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